Ο Νίκος Θεοδωράκης τοποθετήθηκε για τη Μαργαρίτα Θεοδωράκη, ξεκαθαρίζοντας τη θέση του σχετικά με την κόντρα που έχει αναπτυχθεί γύρω από το όνομα του αείμνηστου συνθέτη, Μίκη Θεοδωράκη. Ο ίδιος υποστήριξε πως δεν έχει μιλήσει ποτέ αρνητικά για εκείνη δημόσια, αλλά απλώς απαντάει σε ισχυρισμούς που θεωρεί αναληθείς.

Η διαφωνία μεταξύ τους επικεντρώνεται κυρίως στη χρήση του επιθέτου Θεοδωράκη. Παρόλο που ο Νίκος Θεοδωράκης έχει δικαιωθεί δικαστικά για το δικαίωμα χρήσης του επωνύμου, τόνισε πως δεν υπάρχει αποδοχή από την οικογένεια του πατέρα του. Από την πλευρά του, δεν επιδιώκει πλέον οικογενειακές σχέσεις, αλλά απαιτεί την αναγνώρισή του και τον σεβασμό της θέσης του από όσους διαχειρίζονται την καλλιτεχνική κληρονομιά του Μίκη Θεοδωράκη.

Μιλώντας στην εκπομπή «Το Πρωινό» ο Νίκος Κουρής Θεοδωράκης, ανέφερε:
«Ο Μίκης Θεοδωράκης είχε άλλο ένα παιδί, τι να κάνουμε τώρα; Εγώ δεν έχω πει κάτι άσχημο για τη Μαργαρίτα. Απλά απαντώ κάθε φορά που βγαίνει και λέει ένα ψέμα.

Βγήκε -και πολύ καλά το είπε- ότι θα συνεχίσει να ασχολείται με το έργο του πατέρα μας, να το προβάλλει και να κάνει… Γιατί αγνοεί τις επιθυμίες του;

Τέσσερις φορές αναφέρει ο Μίκης Θεοδωράκης στη διαθήκη του «βοηθήστε τον Νίκο, στηρίξτε τον Νίκο για να εδραιωθεί αυτό που κάνει», γιατί δεν το κάνει; Πώς τιμάμε έναν άνθρωπο όταν δεν σεβόμαστε τις επιθυμίες του; Δεν είναι σοβαρό αυτό;

Υπάρχει η οικογένεια του Μίκη, αλλά υπάρχω κι εγώ που δεν έχω σχέση με την οικογένειά του και ούτε και θέλω, έτσι όπως κάποιοι μπορεί να το νομίζουν. Απλά δε μπορούν, όσοι ασχολούνται με το έργο του, να κάνουν ότι δε με βλέπουν».

Τον περασμένο Μάιο, η Μαργαρίτα Θεοδωράκη είχε αμφισβητήσει τη συγγένειά της με τον Νίκο Θεοδωράκη, μιλώντας στο «Στούντιο 4»

Είχε αναφέρει μεταξύ άλλων: «Με αυτόν τον άνθρωπο νευρίασα και πήγα στα δικαστήρια. Τη δεύτερη φορά δεν μας ειδοποίησαν και δεν πήγαμε στο δικαστήριο. Και δικάστηκε ερήμην.
Δεν ασχολούμαι καθόλου που χρησιμοποιεί το επίθετο. Το θεωρώ γελοίο, εμείς οι δύο ήμασταν τα παιδιά. Δεν το δέχομαι το DNA τεστ. Δεν θέλω να ανακατεύονται στη δικιά μας ζωή.
Για εμάς η ζωή μας ήταν ο μπαμπάς, η μαμά, ο Γιώργος και εγώ. Είμαι σίγουρη ότι δεν είναι γιος του πατέρα μου. Εγώ τη ξέρω την ιστορία. Είναι κάτι που το έχω ξεχάσει, τώρα που μου το θυμίσατε… Ό,τι έχει να κάνει με αυτή την ιστορία είναι αυτό που λέμε σκάνδαλα, δεν τα μπορώ τα σκάνδαλα και τα κουτσομπολιά»