Την ακύρωση των πρυτανικών εκλογών που διεξήχθησαν στις 27 Αυγούστου του 2008 στο Πολυτεχνείο Κρήτης αποφάσισε το Γ’ Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας.
Ειδικότερα, με την υπ’ αριθμ. 2746/2010 απόφασή του, ακύρωσε την απόφαση του υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων που εκδόθηκε στις 2.9.2008 και επικύρωσε τα αποτελέσματα των πρυτανικών εκλογών.
το ΣτΕ είχαν προσφύγει ο υποψήφιος πρύτανης Αναστάσιος Φίλης και οι υποψήφιοι αντιπρυτάνεις Νικόλαος Μαρκόπουλος και Ιωάννης Σαριδάκης, οι οποίοι δεν εξελέγησαν.
Η προσφυγή τους στηριζόταν στο ότι κατά την ημέρα διεξαγωγής των εκλογών άγνωστοι εισέβαλαν στα δύο εκλογικά τμήματα των φοιτητών και πήραν τις κάλπες, τα ψηφοδέλτια, τις σφραγίδες της εφορευτικής επιτροπής, ενώ κατέστρεψαν και τους εκλογικούς καταλόγους.
Τότε, οι κ. Φίλης, Μαρκόπουλος και Σαριδάκης υπέβαλαν ένσταση στην εφορευτική επιτροπή, με την οποία ζητούσαν να μη γίνει η καταμέτρηση των ψηφοδελτίων με βάση μόνο την ομαλή ψηφοφορία που διεξήχθη στα δύο εκλογικά τμήματα στα οποία ψήφισαν τα μέλη του ΔΕΠ και του διοικητικού προσωπικού. Ωστόσο, η ένστασή τους απορρίφθηκε και τα αποτελέσματα των εκλογών βασίστηκαν στις δύο κάλπες των καθηγητών.
Στις πρυτανικές εκλογές του 2008 είχαν αναδειχθεί πρύτανης μέχρι το 2012 ο Ιωακείμ Γρυσπολάκης και αντιπρυτάνεις οι Νικόλαος Βαρότσης και Μιχαήλ Πατεράκης. Μετά την απόφαση του ΣτΕ η εκλογή τους θεωρείται άκυρη.
Ακόμη, το Γ’ Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας έκρινε ότι η εκλογική διαδικασία διεξήχθη κατά παράβαση του Ν. 2083/1992, επειδή η εκλογή των πρυτανικών αρχών δεν διενεργήθηκε με τη συμμετοχή όλων των κατηγοριών των εκλεκτόρων (καθηγητών και φοιτητών).
Παράλληλα, το ΣτΕ τονίζει ότι τόσο «το πρυτανικό συμβούλιο και περαιτέρω η κεντρική εφορευτική επιτροπή όφειλαν, κατά την έννοια του νόμου, να διασφαλίσουν την απρόσκοπτη συμμετοχή στη δημοκρατική διαδικασία αναδείξεως των αρχών του ανώτατου εκπαιδευτικού ιδρύματος όλων των εκλεκτόρων που επιθυμούσαν να ψηφίσουν λαμβάνοντας κάθε πρόσφορο νόμιμο μέτρο».
