Η Μήλος είναι ένα από τα ωραιότερα νησιά των Κυκλάδων, φημίζεται για τις απίθανες παραλίες της, τα δαντελωτά της ακρογιάλια και τα κρυστάλλινα νερά της. Φημίζεται, επίσης και για τους γραφικούς της οικισμούς, αλλά και τα πολύχρωμα ψαροχώρια της.
Ωστόσο, στη Μήλο υπάρχει κι ένα μέρος που προκαλεί ανατριχίλα με την ιστορία του. Ο λόγος για τις κατακόμβες του νησιού. Εκεί όπου η ιστορία συναντά τα φυσικά φαινόμενα και το αποτέλεσμα προκαλεί δέος στον επισκέπτη.
Στην πραγματικότητα, πρόκειται για έναν χώρο ταφής και λατρείας για τους πρώτους χριστιανούς του νησιού, ενώ θεωρείται το τρίτο μεγαλύτερο πρωτοχριστιανικό μνημείο αυτού του είδους, μετά τους Αγίους Τόπους και τις κατακόμβες της Ρώμης.
Οι κατακόμβες της Μήλου είναι ουσιαστικά ένα μεγάλο και υπόγειο δίκτυο με τρεις θαλάμους, πέντε διαδρόμους και μια νεκρική αίθουσα. Χαρακτηριστικό γνώρισμα είναι οι ασβεστωμένες καμάρες και τα ίχνη από κόκκινο χρώμα. Δυστυχώς τοιχογραφίες και επιγραφές δεν σώζονται στο βαθμό που θα μας έδιναν ακόμη περισσότερες και χρήσιμες πληροφορίες. Βρέθηκαν όμως επιγραφές με σύμβολα όπως «ΕΝ ΚΩ» που σημαίνει «Εν Κυρίω».
Ωστόσο όλα αυτά που υπήρχαν εκεί, θάφτηκαν κάτω από τεράστιους όγκους μετά τους σεισμούς του 6ου αιώνα μ.Χ και έγιναν θρύλος μέσα στους αιώνες. Το 1843 έγινε η πρώτη κάθοδος στο μνημείο από τον Γερμανό καθηγητή αρχαιολογίας, Λ. Ρος, ο οποίος έσπευσε μόλις ανακαλύφθηκε η είσοδος, κοντά στο χωριό Τρυπητή.
Αξιόλογες παραστάσεις και διακοσμήσεις υπάρχουν σε πολλούς τάφους ενώ σώζεται και επιγραφή που μαρτυρά ότι εκεί ήταν ο τάφος της Στεφανίδος, κόρης του Μήλωνος.
Ο Ρος τοποθέτησε χρονολογικά τις κατακόμβες της Μήλου στον 1ο αιώνα μΧ. Οι έρευνες έδειξαν ότι σε κάθε τάφο θάβονταν περίπου 8 νεκροί και έτσι υπολογίζεται ότι περίπου 8 χιλιάδες χριστιανοί είχαν στις κατακόμβες την τελευταία τους κατοικία. Σήμερα, υπολογίζεται πως περίπου 30 χιλιάδες επισκέπτονται κάθε χρόνο τις κατακόμβες και συγκεκριμένα τον θάλαμο Β που είναι προσβάσιμος.
