Συνταγματική «σφραγίδα» στην πρωινή προσευχή των μαθητών των νηπιαγωγείων και των δημοτικών σχολείων έβαλε το Συμβούλιο της Επικρατείας κρίνοντας πως  γίνεται στο πλαίσιο της εκπαιδευτικής διαδικασίας. Ωστόσο, η Ολομέλεια του Ανώτατου Ακυρωτικού Δικαστηρίου αποφάνθηκε ότι αντίκεται στο Σύνταγμα και στην ΕΣΔΑ το γεγονός ότι δεν προβλέπεται νομοθετικά η δυνατότητα απαλλαγής από τον εκκλησιασμό των μαθητών για λόγους θρησκευτικής συνείδησης.

Συγκεκριμένα, οι σύμβουλοι Επικρατείας έκριναν (942/2020), σε συνέχεια παλαιοτέρων αποφάσεων τους, ότι είναι συνταγματική και νόμιμη «η προσευχή και ο εκκλησιασμός στο πλαίσιο της εκπαιδευτικής διαδικασίας συνιστούν, όπως και  η διδασκαλία του μαθήματος των θρησκευτικών, αναγκαία μέσα, με τα οποία υπηρετείται ο συνταγματικός σκοπός της αναπτύξεως της θρησκευτικής συνείδησης των Ελλήνων» σημειώνοντας ότι «απευθύνονται αποκλειστικά στους μαθητές που ασπάζονται το Ορθόδοξο Χριστιανικό δόγμα και όχι στους ετερόδοξους, αλλόθρησκους ή άθεους μαθητές».

Όπως αναφέρεται στην απόφαση, οι τελευταίοι «που απολαμβάνουν το δικαίωμα  της θρησκευτικής ελευθερίας, η οποία κατοχυρώνεται στο άρθρο 13 παράγραφος 1 του Συντάγματος, έχουν ευθέως βάσει της συνταγματικής αυτής διατάξεως δικαίωμα  απαλλαγής από  την προσευχή και τον εκκλησιασμό, χωρίς καμία δυσμενή συνέπεια, εφ’ όσον οι γονείς τους υποβάλουν δήλωση ότι δεν επιθυμούν, για λόγους θρησκευτικής συνείδησης, να συμμετέχουν τα τέκνα τους στην προσευχή και τον εκκλησιασμό». Ως προς την εξαίρεσή τους πάντως, υπήρξε μειοψηφία στην απόφαση.

Έτσι, ακυρώθηκε εν μέρει το Προεδρικού Διάταγμα 79/2017 που αφορά την  «οργάνωση και λειτουργία νηπιαγωγείων και δημοτικών σχολείων», κατά το μέρος εκείνο  με το οποίο προβλέπεται η τέλεση κοινής προσευχής μαθητών και εκπαιδευτικών  των νηπιαγωγείων  και  των δημοτικών σχολείων, καθώς επίσης και κατά  το σκέλος εκείνο  με το οποίο προβλέπεται η δυνατότητα εκκλησιασμού των  μαθητών στο πλαίσιο συγκεκριμένων εορτών.

Στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο είχαν προσφύγει γονείς μαθητών κατά του εν λόγω Προεδρικού Διατάγματος  το οποίο, κρίθηκε ότι « κατά παράβαση   του άρθρου 13 παράγραφος 1 του Συντάγματος και των άρθρων 9 της ΕΣΔΑ και 2 του Πρώτου Πρόσθετου Πρωτόκολλο  της ΕΣΔΑ δεν προβλέπει  τη δυνατότητα απαλλαγής από τον εκκλησιασμό μαθητών νηπιαγωγείων και δημοτικών σχολείων για λόγους θρησκευτικής συνείδησης, κατόπιν  σχετικής δήλωσης των γονέων τους».