Στον χειρισμό της εξωτερικής πολιτικής της χώρας και συγκεκριμένα στο θέμα της Αγιάς Σοφιάς και των τσάμηδων αναφέρθηκε η Ντόρα Μπακογιάννη. Μιλώντας στο Realfm 97,8 η συντονίστρια Εθνικής Άμυνας και Εξωτερικών της ΝΔ ανέφερε:
«Στην εξωτερική πολιτική, ο τρόπος με τον οποίο αντιδρά μια χώρα, είναι βασικός. Λυπάμαι πάρα πολύ που το λέω αλλά εγώ ντρέπομαι για λογαριασμό του Έλληνα υπουργού Εξωτερικών, ο οποίος παραμονή της επίσκεψής του στα Τίρανα, βγάζει μία ανακοίνωση ‘κύκλων του ΥΠΕΞ’ πρώτη φορά στη ζωή μου ακούω ότι υπάρχουν ‘κύκλοι στο ΥΠΕΞ’, είναι αδιανόητα πράγματα αυτά. Το υπουργείο Εξωτερικών έπρεπε να βγάλει ανακοίνωση από τον εκπρόσωπό του.Τώρα βρισκόμαστε μπροστά στην πρωτοφανή διαδικασία, το υπουργείο Εξωτερικών να μην έχει εκπρόσωπο διότι παραιτήθηκε, και να έχει ‘κύκλους’. Οι κύκλοι λοιπόν αυτοί του υπουργείου Εξωτερικών, παραμονή της επίσκεψης, βγάζουν μία σωστή ανακοίνωση.
Με ενόχλησε ότι ήταν κύκλοι αλλά το περιεχόμενο ήταν σωστό. Και πάει ο κ. Κοτζιάς επίσκεψη στην Αλβανία, και παρουσία του υπουργού Εξωτερικών της Αλβανίας, κάνει την εξής εκπληκτική δήλωση: Ευχαριστώ πάρα πολύ τον συνάδελφό μου διότι διευκρίνισε με τον τρόπο του, ότι εγώ δεν έχω κάνει τέτοιες δηλώσεις. Ακόμα και με την καλή τους ερμηνεία. Είναι μια άποψη που υπογράφεται ‘κύκλοι του ΥΠΕΞ’. Εγώ πρέπει να σας πω ότι εξοργίστηκα. Λέω δεν είναι δυνατόν, διότι το μήνυμα, όπως και στη ζωή έτσι και στην εξωτερική πολιτική, είναι ένα μήνυμα: Ή είσαι αδύναμος ή είσαι σταθερός. Εγώ δεν λέω ότι η Ελλάδα είναι καμία υπερδύναμη αλλά είναι σταθερή. Θα όφειλε να είναι σταθερή».
Στη συνέχεια πρόσθεσε: «Δεν χρειάζεται να είσαι μεγάλος ειδικός για να αντιληφθείς ότι εδώ πάμε για μια κορύφωση προκλήσεων από την Τουρκία και μία αλλαγή στην πολιτική. Έχουμε μια πρώτη εκκλησία που μεταβάλλεται σε τζαμί, και έχουμε το θέμα της Αγιάς Σοφιάς. Ξέρουμε ότι ο Ερντογάν είναι σε πολύ αδύναμη θέση. θέλει να κάνει λοιπόν ένα άνοιγμα στην ακροδεξιά του. Και τι είναι το πάγιο αίτημα; Το ένα είναι το Κυπριακό και το άλλο είναι το τζαμί.
Και αποφασίζει και κινείται προς την κατεύθυνση αυτή. Και δίνει συνέντευξη ο κ. Κοτζιάς στον κ. Κοττάκη στη Realnews, και τον ρωτάει ο κ. Κοττάκης, γιατί υπήρξε ανακοίνωση για την Αγιά Σοφιά από κύκλους του ΥΠΕΞ; Και απαντά ο κ. Κοτζιάς: ‘Κάθε θέμα ανάλογα με τη βαρύτητά του’. Εδώ λοιπόν, έχουμε μία ουσιαστική διαφωνία με τον κ. Κοτζιά. Κατά τη γνώμη της ΝΔ έχει τεράστια βαρύτητα το θέμα της Αγιάς Σοφιάς. Έχει βαρύτητα η οποία αγγίζει το σύνολο των Ελλήνων πολιτών».
